Uma das principais características do Mestrado em Ciência Política e Relações Internacionais do IDP é a grande oferta de disciplinas optativas. Por ano, são ofertadas mais de 20 disciplinas. Entre as seis disciplinas optativas que cada aluno deve cursar, pode-se optar por qualquer combinação de disciplinas das áreas de concentração e linhas de atuação, de forma a melhor atender aos objetivos de sua pesquisa e seus interesses profissionais. Estimula-se, fortemente, que o estudante curse disciplinas de diferentes áreas de concentração e linhas de atuação, com vistas a ressaltar o caráter interdisciplinar da formação do mestrando.